Bij de vormgeving van Ecodorp Wageningen laten we ons inspireren door de 12 principes van permacultuur, zoals uiteengezet door Bill Mollison. Het principe van zonering zorgt ervoor dat energie efficiënt wordt gebruikt. De kern van het ecodorp wordt het meest intensief beheerd. Dit is een centraal plein waaromheen de gemeenschappelijke ruimtes liggen. Er is bijvoorbeeld een gemeenschappelijke woonkamer-keuken waar evenementen plaatsvinden, een gemeenschappelijke werkplaats en een gemeenschappelijke moestuin. Dit is de plek waar inwoners van het ecodorp en bezoekers samenkomen. Daaromheen staan de woningen.

Ecodorp Wageningen is een plek waar mensen van verschillende generaties en verschillende inkomensklassen samenleven. Er is ruimte voor verschillende woonvormen: naast sociale huurappartementen en gezinswoningen zijn er enkele koopwoningen. Ook zijn er zelfbouwkavels en kavels voor Tiny Houses. Daarnaast is er ruimte voor één of meerdere woongroepen. Er is een natuurlijk waterfiltersysteem, dat uitmondt in een vijver en waaruit de bewoners water voor onder andere irrigatie kunnen halen. Het centrum van het ecodorp wordt het meest intensief gebruikt: rondom de bebouwing staan tuinen met eetbare planten. De buitenranden van het terrein, die overlopen in het bos, blijven ‘wild’ en vormen daarmee een uitvalsbasis voor een rijkdom aan dier- en plantensoorten. Intensief en extensief gebruikte gronden zijn verbonden door een voedselbos, dat gradueel overgaat in het Veluwse boslandschap. Hier vinden wat Mollison de ‘randeffecten’ noemt, plaats. Het is een plek van gevarieerde ecologie, waar twee ecosystemen samenkomen. Elk deel van het ecodorp heeft meerdere functies. In het voedselbosgedeelte, waar op een extensieve manier voedsel geproduceerd wordt, zijn ook plekken waar mensen stilte kunnen vinden.